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MSAP可以检测不同样本基因组DNA甲基化的差异，通过不同限制酶识别甲基差异的特性来获得差异扩增片段的一种分子标记，是AFLP方法的延伸。

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Southern Blot可以检测样品中的DNA及其含量,了解基因的状态,如是否有点突变、扩增重排等。Nothern Blot是DNA/RNA的杂交,它是一项用于检测特异性RNA的技术。

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