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MSAP可以检测不同样本基因组DNA甲基化的差异，通过不同限制酶识别甲基差异的特性来获得差异扩增片段的一种分子标记，是AFLP方法的延伸。

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甲基化特异性的PCR是一种灵敏度高且操作相对简单的甲基化研究方法。重亚硫酸盐处理DNA后，基因组DNA发生的由甲基化状态决定的序列改变。随后进行引物特异性的PCR。该方法引物设计是关键。MSP中设计两

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